สัตว์ในอันดับ Order Testudines (พวกเต่า, ตะพาบ) ถือเป็นหนึ่งในกลุ่มของสัตว์ที่สร้างความสับสนให้นักชีววิทยามาเป็นเวลานาน แรกเริ่มเดิมที Order Testudines ถูกเชื่อว่าเป็นสัตว์เลื้อยคลานกลุ่ม Subclass Anapsida (ไม่มีช่อง temporal fenestra ตรงขมับ) เพียงอันดับเดียวที่ยังมีชีวิตอยู่จนถึงปัจจุบัน
แต่เมื่อเทคโนโลยีชีวโมเลกุลเจริญขึ้น พอนักชีววิทยารุ่นหลังศึกษาโครงสร้างทางสรีรวิทยาและข้อมูลทางพันธุกรรมชีวโมเลกุลของเต่าอย่างละเอียดกันใหม่ Order Testudines ก็ถูกย้ายมาอยู่ Subclass Diapsida (มีหรือเคยมีช่อง temporal fenestra ตรงขมับสองช่อง) โดยโอนสำมะโนครัวไปอยู่ข้างๆ กลุ่ม Lepidosauria ซึ่งเป็นกลุ่มของพวกกิ้งก่า ตุ๊กแก และงู (อ้างอิง doi:10.1098/rsbl.2011.0477)
อย่างไรก็ตาม นักวิทยาศาสตร์บางคนก็เชื่อว่า เต่าสมควรจะถูกจัดให้อยู่ใกล้ชิดกับกลุ่ม Archosauria ซึ่งเป็นกลุ่มของพวกไดโนเสาร์และจระเข้มากกว่า (แน่นอนว่ารวมถึงนกด้วย เพราะนกก็คือสัตว์ที่สืบสายมาจากไดโนเสาร์)

